2青色申告の承認の取消し「連結納税制度の見直しに関する法人税法等の改正（財務省）」（998頁）の抜粋（一部加工）連結納税制度においては、ある連結法人について国税庁長官の職権により連結納税の承認を取り消す場合において、及の影響が納税者・税務当局双方の負担の面で多大であることから、その承認の取消しの効果は及しないこととされています。グループ通算制度においては、通算承認は青色申告の承認を前提とした制度とされ、青色申告の承認を受けた法人が損益通算及び欠損金の通算等の適用を受けることができることとされており、また、通算承認の取消しをグループ通算制度の適用を受けた事業年度に及することとするとグループ内のある法人が通算承認を取り消されればその法人より資本関係が下位の法人が全て承認失効となるという点において遮断では解決できない多大な影響が連結納税制度と同様にあることから、その承認の取消し（失効）の効果は及しないこととされています。これらにより、通算法人及び通算法人であった内国法人に対する青色申告の承認の取消しの効果はグループ通算制度の適用を受けた事業年度に及しないこととされています。672⑴青色申告の承認の取消しの効力発生時期通算法人が青色申告の承認の取消しの通知を受けた場合には、その通算法人の通算承認は、その通知を受けた日から、その効力を失います（法法64の10⑤、127②）。また、通算法人が青色申告の承認を取り消される場合において以下の取扱いとなります。通算法人につき青色申告の承認の取消事由に該当する事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、その承認を取り消すことができます。この場合において、その取消しがあったときは、その取消しの処分に係る通知を受けた日の前日（その前日が通算親法人の事業年度終了の日である場合には、その通知を受けた日）の属する事業年度以後の各事業年度については、その承認は、その効力を失うものとします（法法127①③）。通算法人であった内国法人に対する青色申告の承認の取消しについては、税務署長は、その承認の取消事由に該当する事業年度が失効事業年度前の事業年度である場合には、失効事業年度までって、その承認を取り消すことができます（法法127④）。ここで、失効事業年度とは、通算承認の効力を失った日の前日（その前日が通算親法人の事業年度終了の日である場合には、その効力を失った日）の属する事業年度をいいます。なお、連結納税制度と同様に、通算法人及び通算法人であった内国法人に対する青色申告の承認の取消しの効果がグループ通算制度の適用を受けた事業年度に及しないこととしている理由は「連結納税制度の見直しに関する法人税法等の改正（財務省）」において次のように解説されています。
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